عُرف سوايدية بكتابه «الحرب القذرة» (2001)، الذي يتّهم فيه الجيش بالوقوف وراء مجازر بحق المدنيين في ضواحي العاصمة خاصة مجزرتي بن طلحة والرايس. في 22 أغسطس 2001، أعلن وزير الدفاع الجزائري الأسبق الجنرال خالد نزار، أنه رفع دعوى قضائية ضد الملازم حبيب سوايدية الذي كان لاجئا في فرنسا.في 29 أبريل 2002، حكمت عليه محكمة جزائرية غيابيا بالسجن عشرين عاما لاتهامه بالمشاركته في مشروع «لإضعاف معنويات الجيش والتآمر لتقويض وحدة التراب الوطني».وفي يناير 2006، حكمت عليه محكمة البويرة بالإعدام غيابياً، بتهمة «خطف وقتل» في يوليو 1994 لثلاثة أشخاص في منطقة الأخضرية، أثناء تواجده بالمنطقة. واعتبر سوايدية أن حكم الإعدام الذي أُصدر في حقه بتهمة قتل مدنيين «غير واقعي ودليل على أن النظام الجزائري» نظام فاشي«ألقى بالبلاد في حرب أهلية».